少年院における医療衛生は，消極的には　(1)収容の健康におよぼす悪影響の除去　(2)衣食住等最低健康生活基準の確保　(3)傷病の予防と治療，積極的には　(4)在院者の更生の妨げとなる一切の傷病，欠陥の治療や除去につとめ，さらにすすんで　(5)犯罪原因の医学的解明を，その使命としている。たとえば精神病質の非行少年に対する精神医学的診断，処遇，あるいは入墨の除去，奇形醜ぼうの整形手術，結核，性病等の根本的治療などである。
　各施設には，その大小に応じた診療機関が設けられており，そのほかに矯正医療体制の合理化を図るため，医療センターを設置しているが，その施設名等はIII-54表のとおりである。

III-54表　少年関係医療センター(昭和38.4.1現在)

　なお医務関係職員は，昭和：三八年一月現在，医師六九(精神科医八)，薬剤師七，レントゲン技師三，栄養士一七，衛生検査技師二，看護婦(人)の資格を有する者六三等である。
　患者については，昭和三七年一〇月末現在，休養患者(一般の入院患者にあたる)二五三，非休養患者(一般の通院患者にあたる)二，〇八九である。病名別にみると，精神病，精神々経症および人格異常の者が比較的多く，神経系，感覚器の疾患，消化器系の疾患，伝染病，寄生虫病等がこれについでいる。
　矯正施設内の伝染病の発生は，ただに収容者への伝染の危険にとどまらず，地域社会の保健に重大な脅威を与えるので，上下水，し尿処理設備の改善，衛生数育，予防接種の励行のほか，直接最も効果ある検便による病原菌保有者の摘発を重視し，大施設に併置されている防疫センターにおいて周辺施設の検便を行なっている。上水道の滅菌装置未設置庁の整備については，三七年度予算において全施設の整備が認められた。
　収容少年には，多少とも，精神状態のかたより，異常を有する者が多いが，精神病質ないし，その傾向の強い者も一般社会集団に比して高い比率を示しており，自傷，暴行など病的な反応を示す場合が少なくない。これらの収容者に対しては，可能なかぎり専門の施設に収容し，治療に努めるとともに，一般施設では外部専門家の協力や指導を得て治療にあたっている。
　精神障害者のうち，最も多数を占めている精神薄弱者の比率は，一般社会におけるよりはるかに高く，少年院においては，一三％が精神薄弱者と診断されている。これらの者に対する対策としては，可能なかぎり専門の矯正施設に収容の上，治療教育手段を施しているが，いまだ十分とはいえないので，専門施設の増置，専門職員の配置，薬物投与等，この対策に積極的な手段を講じている。三七年度は，脳発育促進剤の購入予算が認められ，関東医療少年院等において，これが施用と，その効果の測定を学術的に検討している。
　収容少年の給養については，主としてその給食と衣服が問題になるが，収容少年の一日あたり給与カロリーは三，〇〇〇カロリー(主食二，四〇〇カロリー，副食六〇〇カロリー)であって，カロリーとしての不足はない。しかし副食費が少ないため，動物性たんぱく質および脂肪が不足していることが目だつ。これが対策として，昭和三七年度予算においては，従来にない大幅な増額(ひとり一日三円五〇銭)が認められ，ひとり一日あたり二八円となった。その結果，動物性たんぱく質の給与量が若干ふえ，その最低必要量を越えることができたが，昭和三八年度においてさらに，ひとり一日一円六〇銭の増額が認められ，現在では二九円六〇銭となっている。
　なお収容者には，一定の衣服および寝具等が貸与されており，また，紀律衛生上害のないものにかぎり，自弁品の使用が許されているが，しかし収容者の衣服，寝具は，近年一般社会における生活水準の向上に伴い，その生地，型式等の改善が考えられている。