各少年院には，法務大臣が任命する7人以内の外部の委員で構成され，少年院を視察し，その運営に関し，少年院の長に対して意見を述べる少年院視察委員会が設置されている。在院者は，委員による面接を希望する場合には，これを申し出ることができるほか，委員会に対する意見等がある場合には，意見等を記載した書面を少年院内に設置された提案箱に投かんすることができる。平成29年度の活動状況は，会議の開催231回，少年院の視察86回，在院者との面接514件であり，委員会が少年院の長に対して提出した意見は389件であった（法務省矯正局の資料による。）。

少年院においては，職員である医師等又は少年院の長が委嘱する医師等が，在院者の診療を行い，必要な医療上の措置を執っている（第2編第4章第3節2項参照）。

なお，平成30年4月1日現在，専門的に医療を行う少年院（第3種）として，関東医療少年院及び京都医療少年院の2庁が設置されている。

在院者の処遇の適切な実施を確保し，その改善更生及び円滑な社会復帰を図るのにふさわしい安全かつ平穏な共同生活を保持するためには，少年院の規律及び秩序は適正に維持されなければならない。そのため，少年院では，少年院法により定められた要件や手続等に基づき，少年院の規律及び秩序を害する反則行為をした在院者に対して，不利益処分である懲戒を行うことがある。懲戒は，少年院の規律及び秩序の維持を主たる目的としつつ，当該在院者の規範意識を喚起する教育的機能を持つものであり，<1>厳重な訓戒（少年院の長が，反則行為をした在院者にその非を教え，今後を戒めるもの），<2>20日以内の謹慎（反則行為をした在院者を集団処遇から離脱させ，居室内で処遇することで反省を促すもの）の2種類がある。平成29年における出院者（2,475人）のうち，在院中に，厳重な訓戒の処分を受けた者は299人，20日以内の謹慎の処分を受けた者は627人であった（法務省大臣官房司法法制部の資料による。）。

不服申立制度として，救済の申出及び苦情の申出の制度がある。救済の申出は，自己に対する少年院の長の措置その他自己が受けた処遇について苦情があるときに，法務大臣に対して，救済を求める申出をすることができる制度であり，苦情の申出は，自己に対する少年院の長の措置その他自己が受けた処遇について，監査官及び少年院の長に対して申出をすることができる制度である。平成29年における救済の申出件数は，77件であった（法務省矯正局の資料による。）。