刑事施設においては，作業とともに矯正処遇の中心となる改善指導及び教科指導が行われる。改善指導及び教科指導は，受刑者に対して指導を受けることを義務付けることができる。これらの指導に加えて，刑執行開始時及び釈放前の指導が行われ，改善指導，教科指導，刑執行開始時の指導及び釈放前の指導の四つを併せて矯正指導という。

(1)改善指導

　改善指導とは，受刑者に対し，犯罪の責任を自覚させ，健康な心身を培わせ，社会生活に適応するのに必要な知識及び生活態度を習得させるために行う指導をいい，一般改善指導及び特別改善指導がある
。 　一般改善指導とは，講話，体育，行事，面接，相談助言その他の方法により，[1]被害者感情を理解させ，罪障感を養うこと，[2]規則正しい生活習慣や健全な考え方を付与し，心身の健康の増進を図ること，[3]生活設計や社会復帰への心構えを持たせ，社会適応に必要なスキルを身に付けさせること等を目的として行う指導をいう。
　特別改善指導とは，薬物依存があったり，暴力団員であるなどの事情により，改善更生及び円滑な社会復帰に支障があると認められる受刑者に対し，その事情の改善に資するよう特に配慮した指導をいう。特別改善指導には，薬物依存離脱指導，暴力団離脱指導，性犯罪再犯防止指導，被害者の視点を取り入れた教育，交通安全指導及び就労支援指導がある(本章第4節3参照)。

(2)教科指導

　教科指導とは，社会生活の基礎となる学力を欠くことにより改善更生及び円滑な社会復帰に支障があると認められる受刑者のほか，学力の向上を図ることが円滑な社会復帰に特に資すると認められる者に対し，学校教育に準ずる内容の指導を行うことをいう。
　松本少年刑務所は，地元中学校の分校を設け，全国の義務教育未修了の受刑者の中から適格者を集めて教育を行っており，平成19年3月には10人に卒業証書が授与されている。また，盛岡，松本及び奈良の各少年刑務所では，地元県立高校の協力を得て，高校の通信制課程を受講させている。さらに，19年度からは，文部科学省と連携し，高等学校卒業程度認定試験を，受刑者が外部に赴くことなく，刑事施設において受験することが可能となり，受験機会の拡大が図られている(法務省矯正局の資料による。)。

(3)刑執行開始時の指導

　刑執行開始時の指導は，刑事施設に新たに入所した者に対し，受刑等の意義，処遇要領に定める個別の処遇目標及びその目標を達成するための方法や，刑事施設における生活上の心得等について，理解させるために行う。その期間は，原則として2週間である。

(4)釈放前の指導

　釈放前の受刑者に対しては，原則として2週間，釈放後の社会生活において直ちに必要となる知識等について理解させるための指導を行う。講話，個別面接その他の方法により，社会復帰後の就職や保護観察制度その他更生保護に関する知識を付与するだけでなく，必要に応じ，一般社会における生活にできる限り近似した日常生活を経験させたり，一般社会における生活，勤労及び社会奉仕活動等を実際に経験させることもある。