平成18年5月1日から施行された会社法(平成17年法律第86号)は，会社法制に関する様々な制度についての見直しを行うとともに，従来，商法第2編(会社)等の各法律に分かれて置かれていた会社に係る規定を一つの法典として再編成した。罰則関係では，特別背任罪等につき国外犯処罰規定を新設し，株主の権利行使に係る利益供与の罪につき任意的自首減免規定を設けるなどした。
　平成18年1月4日から施行された独占禁止法の一部を改正する法律(平成17年法律第35号)は，課徴金制度を見直し(課徴金対象行為の拡大・明確化，課徴金算定率の引上げ)，課徴金減免制度，公正取引委員会の調査権限としての犯則調査権限をそれぞれ導入し，一定の罪に係る訴訟の第一審管轄についての東京高等裁判所の専属管轄を改正するとともに，罰則規定を改正(公正取引委員会の排除措置命令違反及び調査妨害に対する法定刑の上限の引上げ等)するなどした。
　一部の規定が平成18年7月4日に施行された証券取引法等の一部を改正する法律(平成18年法律第65号)は，重要な事項に虚偽記載のある有価証券届出書等の提出，風説の流布・偽計，相場操縦行為及びインサイダー取引等に対する法定刑の上限を引き上げるなどした。