収容鑑別の標準的な流れは，4-4-3-5図のとおりである。

4-4-3-5図　少年鑑別所における収容鑑別の流れ

　通例，鑑別担当者と少年との一対一で行い，明るく穏やかな雰囲気の中，少年の不安や警戒心に配慮しながら，少年が，家族，友人，学校，職場等の周囲の環境に対して，何を感じ，どのように対応しているのかについて，調査を行っている。

　入所後数日以内に，集団方式で少年の知能や性格特性を概括的に把握することを目的として，心理検査を実施している。その後，少年の特性を更に詳細に調べる必要がある場合には，個別方式の心理検査等も実施して鑑別の精度を高めている。
　少年鑑別所で使用される代表的な心理検査及び平成16年に利用された個別方式の心理検査の種類は，4-4-3-6図のとおりである。

4-4-3-6図　少年鑑別所で使用される代表的な心理検査等

　少年鑑別所では，行動面からの特質及び問題点を把握するため，課題作文，はり絵，描画，日記，集団討議，感想文等に取り組む際の行動を観察し，生活態度，対人関係等の特徴を具体的，客観的に明らかにしている。

はり絵の作品例です。

　少年鑑別所では，少年の入所時に，健康診断を実施している。その時，負傷又は疾病にり患している場合には，医師による診療を行っている。また，精神障害の疑いのある少年に対しては，精神医学的検査及び精神科医師の診察を行っており，平成16年の新入所者中641人（3.1％）に精神障害が認められた（矯正統計年報による。）。

　少年鑑別所では，以上の（１）から（４）までの結果に，外部から得られた情報を加えて検討し，在宅保護（保護観察等），収容保護（少年院等）等の意見，すなわち鑑別判定を決定している。鑑別判定は，鑑別結果通知書に記載された上，家庭裁判所に送付され，審判の資料となる。また，保護処分の決定がされた場合には，少年院，保護観察所に送付され，処遇の参考に供される。
　平成16年の収容鑑別のうち，鑑別判定を終了した少年についての鑑別判定と審判決定等との関係は，4-4-3-7表のとおりである。
　保護観察を主とする在宅保護相当と鑑別判定された者では，82.8％が保護観察に，9.6％が決定保留のまま家庭裁判所調査官の試験観察に，それぞれ付されている。少年院送致相当と判定された者では，53.4％が少年院に送致されているが，26.4％が保護観察に，15.2％が試験観察に，それぞれ付されている。主として検察官送致相当とされ保護不適と判定された者では，55.7％が検察官送致とされている。

4-4-3-7表　鑑別判定と審判決定等との関係