少年鑑別所の主要な業務は，観護と鑑別である。観護業務では，家庭裁判所の決定によって送致された非行のある少年を収容し，明るく，健康的で，かつ，治療的・教育的な環境の下で生活させ，行動観察を行う。また，鑑別業務では，身体・精神医学，心理学，教育学，社会学等の専門的知識及び技術を用いて，収容少年についての資料を収集し，それらを分析して，少年の人格特性や身体状況の科学的な解明を行う。この鑑別の結果は，家庭裁判所に通知され，少年審判の重要な資料となっている。
　また，このように少年を収容して行う鑑別のほかに，在宅のまま家庭裁判所に事件が係属している少年，少年院在院中の少年，保護観察中の少年に対しても，それぞれの機関からの請求や依頼に応じて，鑑別が行われている。
　更に，これら公的機関の請求や依頼に限らず，広く家庭や学校などからの依頼により，一般少年の非行その他の問題を中心として，進学，就職等のための資質の鑑別及び相談にも応じている。