恩赦は，刑事手続によることなく，有罪の確定裁判(大赦の場合には，例外として，判決が確定しなくとも行なわれうる。)のもつ法律上の効果を失わせ，あるいは変更する行政権の作用である。
　恩赦は，その効力の内容により，大赦，特赦，減刑，刑の執行の免除，復権の五種類に分かれる。大赦は，有罪の言渡しを受けた者については，その言渡しの効力を失わせ，まだ有罪の言渡しを受けていない者については，公訴権を消滅させる。したがって，ある罪が大赦になると，服役中の者が即時釈放されるばかりでなく，警察や検察庁で現に捜査中の者までが，その捜査を打ち切られるので，大赦は，恩赦のうち，最も強い効果を持つ。特赦は，有罪の裁判が確定した特定の個人に，その言渡しの効力を失わせる。減刑は，刑の言渡しの効力を変更し(たとえば懲役四年を，懲役三年に減軽するなど)，または，その執行の態様を軽くしたり，執行期間を短縮する(なお，執行猶予の期間だけを短縮することはできない)。刑の執行の免除は，言渡刑を変更しないで，刑の執行を免除する。復権は，有罪の言渡しを受けたため，法令の定めるところにより，喪失しまたは停止された資格を回復させる。
　恩赦は，二つの形式で行なわれる。政令で，罪または刑の種類を定めて，一律に行なわれる場合(一般恩赦または政令恩赦といわれる。)と，個々人につき，その犯情，行状，犯罪後の状況などを調査し，とくに恩赦を行なうのが相当かどうかを審査して行なわれる場合(個別恩赦といわれる。)とである。大赦は，政令恩赦の形式で，また，特赦と刑の執行の免除とは，もっぱら個別恩赦の形式で，減刑および復権は，双方の形式で行なわれる。
　恩赦を決定するのは，内閣である。ただ一般恩赦は，右のように政令によって一律に行なわれるのであるが，個別恩赦については，本人からの出願にもとづき，または職権によって検察官，監獄の長，保護観察所長から中央更生保護審査会に上申されたものであって，同審査会が恩赦の理由があると認めて，法務大臣に恩赦の申出をした者に限られ，この申出がないと，内閣は恩赦の決定をすることはできない。
　なお，個別恩赦は，刑事政策的見地から，随時行なわれるものと，国家的慶事などの際に，一定の期限を限って，特別の基準で行なわれるものとに区別される。前者を常時恩赦，後者を特別恩赦という。特別恩赦は，一般恩赦を実施する際に，あわせて行なわれることもあり，また，これと関係なく，独自に行なわれることもある。