平成6年6月，更生緊急保護法の一部を改正する法律（平成6年法律第58号）が成立し，施行された。この改正は，法務大臣の事業経営認可を受けて更生保護事業を営む者が設置する保護施設の建替え等施設改善の促進を図ることを目的として，国による補助の要件を緩和することなどを内容としている。

平成7年5月，更生保護事業法（平成7年法律第86号）及び更生保護事業法の施行及びこれに伴う関係法律の整備等に関する法律（平成7年法律第87号）が成立し，8年4月，全面施行された。 更生緊急保護法（昭和25年法律第203号）は廃止された。更生保護事業法は，更生保護事業を明確に定義するとともに，更生保護事業に対する国の責務と地方公共団体の協力を明記し，また，更生保護法人制度を新設するものである。これら法律の制定により，更生保護法人に対する税制上及びその他の優遇措置が採られることが可能となり，社会福祉法人との法制度上の格差の解消が図られることとなった。

平成14年5月，更生保護事業法等の一部を改正する法律（平成14年法律第46号）が成立し，同年6月に施行された。この改正では，継続保護事業が行う保護の内容に「職業を補導し，社会生活に適応させるために必要な生活指導」を行うことが新たに加えられ，更生保護施設で実施できる処遇内容の充実化が図られたほか，更生保護事業における規制緩和に関連した事項として，一時保護事業及び連絡助成事業について，認可制から届出制に改められ，併せて事業経営の透明性の確保に関する規定が整備された。