更生保護の機関には，法務省に置かれている中央更生保護審査会（委員長と委員4人で組織する合議制の機関），高等裁判所の管轄区域ごとに置かれている地方更生保護委員会（3人以上15人以内の委員で組織する合議制の機関）及び地方裁判所の管轄区域ごとに置かれている保護観察所がある。中央更生保護審査会は，法務大臣への個別恩赦の申出等の権限を有し，地方更生保護委員会は，矯正施設の長からの申出等に基づき，仮釈放・仮退院の許否を決定するなどの権限を有している。保護観察所は，保護観察，生活環境の調整，更生緊急保護の実施，犯罪予防活動の促進等の業務を行っている。

更生保護に関しては，平成18年6月の「更生保護のあり方を考える有識者会議」の提言等を踏まえ，20年6月，犯罪者予防更生法（昭和24年法律第142号）と執行猶予者保護観察法（昭和29年法律第58号）を整理・統合した更生保護法が施行され，保護観察処遇等の一層の充実強化が図られている。また，平成28年6月には，刑の一部の執行猶予制度が導入され（本編第1章6項参照），裁判所が刑の一部の執行を猶予する場合において，初入者等に対しては，裁量により保護観察に付することができ，薬物使用等の罪を犯した者（初入者等を除く。）に対しては，必要的に保護観察が付されることになった。