指定入院医療機関の管理者は，心神喪失者等医療観察法の入院決定を受けて入院している者について，入院を継続させて医療を行う必要があると認めることができなくなった場合は，地方裁判所に対し，退院の許可の申立てをしなければならない。また，入院を継続させて医療を行う必要があると認める場合は，6月ごとに，地方裁判所に対し，入院継続の確認の申立てをする。なお，入院決定により入院している者及びその保護者は，いつでも退院の許可又は医療の終了の申立てをすることができる。
　平成17年末までに，退院許可の申立てが1件あり，これに対する決定はされていない(司法統計年報による。)。