未決拘禁者は，拘置所又は刑務所若しくは少年刑務所において，受刑者等と分離されて収容される。その処遇は，逃走及び証拠隠滅を防止するとともに，被疑者又は被告人としての防御権を尊重しつつ，適正な収容を確保するよう配慮しながら行われている。居室は，原則として単独室であり，共同室に収容される場合でも，例えば，同一事件に関係のある者は，居室を別にし，居室外においても接触の機会がないよう配慮されるなどしている。
　未決拘禁者の場合は，受刑者と異なり，衣類・寝具は自弁が原則であり，飲食物・日用品も施設の規律及び衛生等に支障を及ぼすおそれのない限り広範囲に自弁が認められている。面会については，弁護人等との場合を除いて職員が立ち会い，通信の内容については検閲が行われる。これらは，いずれも刑事訴訟法上の制限があるほか，拘禁目的を害する場合又は施設の規律・秩序の維持若しくは管理上やむを得ない場合に限り，制限を受けることがある。図書，雑誌及び新聞紙の閲読は，拘禁目的に反せず，かつ，施設の規律・秩序を害するおそれのない限り，許される。
　未決拘禁者のうち，起訴されていない段階での被勾留者は，代用刑事施設(旧監獄法時の代用監獄)に拘禁される場合が大半である。なお，代用刑事施設に収容された者の平成17年度(会計年度)の一日平均収容人員は，1万3,959人である(法務省矯正局の資料による。)。
　監置に処せられた者に対する処遇は，面会，通信及び衣類自弁に制限があるほか，飲食物の自弁が認められないことを除き，未決拘禁者に準じて行われている。平成17年における監置場入所者は，4人であった(矯正統計年報による。)。
　死刑の判決が確定した者は，その執行に至るまで，拘置所に拘置される。死刑確定者の処遇は，おおむね未決拘禁者に準じて行われている。また，希望により，教誨師による宗教教誨，篤志面接委員による指導・助言も行われている。なお，平成17年12月31日現在，死刑確定者の収容人員は，77人である(矯正統計年報による。)。