少年院は，家庭裁判所から保護処分として送致された者及び少年法の規定により少年院において刑の執行を受ける者（以下，「少年院収容受刑者」という。）を収容し，これらの者に矯正教育を授ける施設であり，平成15年4月1日現在，全国に本院52庁，分院1庁が設置されている。
　保護処分として少年院に送致された者の収容期間は，現行法制上は原則として20歳に達するまでとなっている。ただし，送致時から20歳に達するまでの期間が1年に満たない者については，送致決定の時から1年間に限って収容を継続することができるとされている。
　少年院には，収容する少年の年齢，犯罪的傾向の程度及び心身の状況に応じて，以下の4種類があり，医療少年院を除き，男女の別に施設を設けており，それぞれ下記の対象者を収容している。
　初等少年院　心身に著しい故障のない，14歳以上おおむね16歳未満の者
　中等少年院　心身に著しい故障のない，おおむね16歳以上20歳未満の者
　特別少年院　心身に著しい故障はないが，犯罪的傾向の進んだ，おおむね16歳以上23歳未満の者。ただし，少年院収容受刑者については，16歳未満の者も収容することができる。
　医療少年院　心身に著しい故障のある，14歳以上26歳未満の者
　このうち，初等少年院及び中等少年院における処遇は，短期処遇と長期処遇とに区分される。
　短期処遇は，少年の持つ問題性が単純又は比較的軽く，早期改善の可能性が大きいため，短期間の継続的・集中的な指導と訓練により，その矯正と社会復帰を期待できる者を対象としている。また，短期処遇は運用上，収容期間を6か月以内とする一般短期処遇と，非行の傾向が一般短期処遇の対象者より進んでいない者で開放処遇に適する者を対象とし，収容期間を4か月以内とする特修短期処遇とに区分される。
　長期処遇は，短期処遇になじまない者を対象としている。長期処遇の収容期間は原則として2年以内としているが，2年を超えて処遇する必要があると認めるときは，個別に収容期間を定めることとされている。なお，収容期間については，個々の在院者の矯正教育と円滑な社会復帰とを図るために弾力的に運用されることが要請されており，一般短期処遇及び長期処遇については，少年院法が定める範囲内において収容期間の延長もなされる。一般短期処遇及び長期処遇は，対象者の教育上の必要性に応じて処遇のコースが分かれており，これを処遇課程と呼ぶ。一般短期処遇には三つの処遇課程が，長期処遇には五つの処遇課程が，それぞれ置かれている。これら，少年院の分類処遇制度を示したものが，4―2―4―1図である。

4―2―4―1図　少年院分類処遇制度

　保護処分としての少年院送致において，少年をどの種類の少年院に送致するかは，家庭裁判所の審判において決定される。このほか，処遇区分について，短期処遇が適当である旨の処遇勧告が審判において付されることがある。
　少年鑑別所では，少年院送致の決定がなされた者について，家庭裁判所による処遇勧告が付された場合はこれに沿うとともに，各少年院で実施している処遇課程と，少年の処遇上の必要性とを勘案して，どこの少年院に送致するかを指定することとなる。
　少年院長は，少年に対する矯正教育がその目的を達したと認める場合には退院の申請を，少年が処遇の最高段階に到達し，仮に退院を許すのが相当と認める場合には仮退院の申請を，地方更生保護委員会に対して行う。なお，少年院収容受刑者に対しては，16歳に達するまでの間，他の少年と居室，教室等を別にした上で少年院で矯正教育が行われ，16歳に達した後は，行刑施設において刑の執行を受けることとなる。