3-2-3-5図 少年鑑別所における収容審判鑑別の流れ
鑑別（非行又は犯罪に影響を及ぼした資質上及び環境上問題となる事情を明らかにした上，その事情の改善に寄与するため，その者の処遇に資する適切な指針を示すことをいう。）には，主として，家庭裁判所の求めに応じて行う審判鑑別のほか，家庭裁判所以外の関係機関の求めに応じて行う処遇鑑別がある。家庭裁判所以外の関係機関の求めによる鑑別は，従来から行われていたが，少年鑑別所法では，鑑別を求める機関として，児童自立支援施設の長及び児童養護施設の長が明記されたほか，刑事施設の長の求めに応じて行う鑑別において，対象となる者の年齢を16歳未満から20歳未満に引き上げるなど，鑑別を求める機関や鑑別の対象の拡大が図られた。さらに，新たな少年院法では，少年院の長の求めに応じて行われる鑑別において，在院者を一時的に少年鑑別所に収容して鑑別を実施することが可能となるなど，鑑別の形態の多様化が図られた。
審判鑑別のうち，観護措置の決定により少年鑑別所に収容されている者に対して行う鑑別を，収容審判鑑別という。収容審判鑑別の標準的な流れは，3-2-3-5図のとおりである。少年鑑別所では，鑑別面接，心理検査，行動観察，医学的診断の結果に，外部から得られた情報を加えて検討し，在宅保護（保護観察等），収容保護（少年院送致等）等の処遇に係る判定を行う。判定の結果は，対象者の資質の特徴，非行要因，改善更生のための処遇指針等と共に鑑別結果通知書に記載されて家庭裁判所に送付され，審判の資料となる。保護処分が決定された場合には，少年院，保護観察所に送付され，処遇の参考に供される。
また，法務省矯正局では，「再犯防止に向けた総合対策」の一環として，少年の再非行防止に資するための調査ツールである法務省式ケースアセスメントツール（MJCA）を開発し，平成25年度から少年鑑別所において運用を開始している。MJCAは，心理学，犯罪学等の人間科学の知見を踏まえて，少年鑑別所における実証データに基づき，統計学的な分析を経て開発したもので，対象者の再非行の可能性等を把握するとともに，保護者との関係性の調整や社会適応力の向上等，何を目標とした働き掛けを行えば再非行を防止できるのかを明らかにしようとするものである。
家庭裁判所の求めによる鑑別のうち，少年鑑別所に収容されている者以外を，家庭裁判所，少年鑑別所等に来所させて行う鑑別を在宅審判鑑別という。平成26年における在宅鑑別（少年鑑別所法施行前の呼称）の受付人員は，381人であった（矯正統計年報による。）。
3-2-3-6表は，平成26年に鑑別判定（少年鑑別所法施行前の呼称）を終了した者（観護措置に付された者に限り，同年に退所した者を計上している。）について，鑑別判定と審判における決定等との関係を見たものである。
地方更生保護委員会，保護観察所の長，児童自立支援施設の長，児童養護施設の長，少年院の長又は刑事施設の長の求めによる鑑別を処遇鑑別という。処遇鑑別では，処遇の経過，課題及びその分析，今後の処遇指針等について鑑別結果通知書を作成し，各機関における対象者の処遇に資することとしている。
なお，平成26年における法務省関係機関からの依頼鑑別（旧少年院法の規定によるもの）の受付人員の内訳は，検察庁が18人，少年院又は刑事施設が3,738人，地方更生保護委員会又は保護観察所が5,056人であった（矯正統計年報による。）。
