指定入院医療機関の管理者は，対象者について，入院を継続させて医療を行う必要があると認める場合は，6月ごとに，入院継続の確認の申立てをしなければならず，他方，入院を継続させて医療を行う必要があると認めることができなくなった場合は，直ちに退院の許可の申立てをしなければならない。また，対象者又はその保護者若しくは付添人は，いつでも，退院の許可又は医療の終了の申立てをすることができる。これらの申立てを受けて，裁判所は，医療継続の要否等を審判により決定する。平成23年には，指定入院医療機関の管理者による退院許可の申立ては176件，対象者等による退院許可・医療終了の申立ては95件（回付によるものを除く。）受理され，また，退院許可決定（退院を許可するとともに入院によらない医療を受けさせる旨の決定をいう。以下，この節において同じ。）は145件，医療終了決定は25件なされている（司法統計年報による。）。