少年鑑別所における処遇は，少年を明るく静かな環境に置き，少年が安んじて審判を受けられるようにし，そのありのままの姿をとらえて資質の鑑別に役立てている。このため，少年の身柄の確保，心情の安定を図るほか，生活管理上必要な処遇を行いながら，行動観察を通じて鑑別に必要な情報の収集を行っている。特に近年，観護措置による被収容少年の精密な鑑別に役立てるため，処遇の一環として「探索処遇」を試行している。これは，観護と鑑別の有機的連携の下に，個々の被収容少年の特性等を考慮しつつ，作文，読書，はり絵，絵画，粘土細工，心理劇，集団討議等の処遇を実施して，少年の問題性，改善可能性の程度に応じた改善更生のための方法等を探り，鑑別に反映させようとするものである。
　なお，施設間の処遇上の差異をできるだけ少なくし，観護処遇の一層の適正化を図るため，その標準化作業を全国的に推進している。